Vajina kanseri ender görülür, kadınlardaki bütün genital kanserlerin yüzde 2'den azını oluşturur. Bu tip kanser en sık olarak menopozdan sonra ortaya çıkar. Bu genellikle epidermoid bir kanser olup, vajinanın dış deri tabakasından doğar. Bazen de rahimden ve öbür dokulardan da geçmiş olabilir. Bu kanserin çocuklardaki oranı özel olarak ilginçtir. 1974'te Birleşik Devletlerde on beş yaşının altındaki çocuklar arasında 3600 kadar kanserden ölüm olmuştur.

Bu Ölümlerin büyük bölümü lösemiden, beyin ve merkez sinir sistemi tümörlerinden olmuşsa da, yüzde 5'e kadar olan bir bölümü de kadın genital organlarına bağlı olarak meydana gelmiştir.

Yetişkinlerde vajina kanserinin nedenleri bilinmemektedir. Çocuklardaysa vajina kanserinin nedenleri, kalıtım bozukluklarına bağlanabilir, ancak bunun nasıl ve niçin olduğunu tam olarak hiç kimse bilmemektedir. Bu kanserler çocuk henüz rahimdeyken, yani çocuğun bağışıklık sistemi henüz tam olarak gelişmeden önce ortaya çıkmaktadır ya da gebelik sırasında görülen komplikasyonlara, annenin aldığı ilaçlara bağlanabilir. Diethylstilbestrol tekrarlanan düşükleri tedavi etmek için yıllarca önce kullanılan östrojen tipinde bir hormondur. Daha sonra, gebelikleri sırasında diethylstilbestrol kullanan kadınların kızlarında vajina kanserine yol açtığı bulundu. Bir kadına gebeliği sırasında diethylstilbestrol verilmişse, kızlarında yüksek oranda bir vajina kanseri riski bulunduğu kabul edilmeli ve yılda iki kez Pap testi ve belki de kolposkopiyle birlikte düzenli jinekolojik kontroller yapılmalıdır.