Koruyucu haplara bağlı önemli yan etkiler, kadının vücudunda sürekli hasara, hatta ölüme yol açabilecek olan etkilerdir.

Tromboemboli: Hemen deri altındaki ya da derindeki bir toplardamarda bir kan pıhtısı oluşması sonucunda meydana gelir. Korunma hapları kullanan kadınlar arasında tromboemboli vakaları gittikçe artmaktadır. Bu haplar tromboemboli olasılığını beşle on kat arttırmaktadır.

Normal olarak her yıl doğum yapma çağındaki her 100.000 kadından 200'ünde bacaklarda yüzeysel tromboz (flebit) meydana gelir. Korunma hapı ajan kadınlarda bu sayı 300'e çıkar. Çok önemli ve hayatı tehdit edici olan derin toplardamar, tıkanmalarındaysa, bu sayı her yıl 100.000 kadında 20'den 110'a çıkar. Bunun sonucu olarak, beyin damarlarındaki tıkanma da, her yıl 100.000 kadında 10'dan, korunma hapı kullananlarda 40'a yükselir. Daha önceden tansiyon yüksekliği, damar hastalıkları, şeker hastalığı, şişmanlık gibi sağlık sorunları bulunan kadınlarda pıhtılaşmaya karşı bir eğilim bulunur. Hap alan- . larda beyin damarlarında tıkanıklık daha kolay olur. Pıhtılaşma bozuklukları, haplardaki östrojene bağlı olmalıdır, çünkü haplardaki östrojenin dozu 50 mcg'a indirilince, derin toplardamar tıkanmaları yüzde 25 azalmaktadır. Böylece 50 mcg. altındaki östrojenin doğum kontrol haplarında tercih edilmesinin bir yaran daha ortaya çıkmaktadır. Kadınlara, sıvı dengelerini korumaları için bol su almaları da salık verilir. Kan pıhtılaşması üzerindeki bu etkiler, sadece haplar alınırken vardır. Kadın korunma haplarını bırakır bırakmaz, vücuttaki hormonlar hızla metabolize olup parçalanır ve artmış olan risk kaybolur. Ameliyatına karar verilen kadınlar, ameliyattan en az on, on dört gün önce korunma haplarım bırakmalıdırlar. Böylece ameliyattan sonra görülen kan pıhtısıyla damar tıkanması olasılığı azaltılmış olur. Yüzeysel damar tıkanmasının erken belirtileri, hassas ve şişmiş bacak toplardamarlarıdır. Derideki tromboflebitlerdeyse bacakların arkasında genellikle derin bir ağrı olur. Hastalık ilerledikçe, bacak da şişer.Beyinde damar tıkanmasının belirtileri, şiddetli ve tek yanlı baş ağrıları ve görme bozukluklarıdır. Bu belirtilerden herhangi biri olursa, bir kadın hapları almayı bırakarak doktoruna başvurmalıdır. Yüzeysel damar tıkanmaları genellikle, o yere sıcak koyarak ve aspirinle tedavi edilir. Derin damar tıkanmalarında ve beyindeki damar tıkanıklıklarındaysa, hastanın hastaneye yatırılıp yakın kontrol altında pıhtılaşmaya karşı tedaviye alınması gerekir.

Kalp krizi: Korunma hapı kullanan kadınlarda kalp krizi (Miyokard infarktusu) olasılığı, hele yaşı ilerlemiş, hele hele de sigara içmekteyse, ona göre artar. Sigara içmeyen, yaşı 30-35 arasındaki kadınlarda yılda kalp krizinden ölüm' oranı 100.000'de 2'den daha düşüktür. Sigara içenlerdeyse bu oran yılda 100.000'de 5,4'e yükselmektedir. 40 - 45 arasında öldürücü kalp krizi oranı sigara içmeyenlerde 1 yılda yaklaşık olarak 100.000'de 3, sigara içenlerdeyse 20 kadardır. Yaş arttıkça ve hele 40'ın üzerinde kalp krizi riski de artıyorsa da, bunların gebelik, doğum kaygıları altındaki kadınlar olduğu unutulmamalıdır. Hapın riskleri bu risklerle karşılaştırılmalıdır. Bundan başka, kırkının üzerinde bir kadın korunma hapları kullanmak isterse, çok düşük östrojenli bir hapı seçmelidir.

Tansiyon yüksekliği: Yıllardan beri doğum kontrol hapı kullanmakta olan kadınlarda hem büyük, hem de küçük tansiyonda hafif yükselme olabilir. Genellikle bu yükselişler çok hafif olup normal sınırların üzerine pek çıkmazlar. Bununla birlikte bu hapları beş yıl süreyle kullanmış olan kadınların yüzde 5'inde, 14/9'un üzerinde tansiyon yükselmesi olmaktadır. Ne yazık ki, bu tansiyon yükselmesinin kimde olup kimde olmayacağını önceden kestirmek elde değildir. Bazı kadınlarda tansiyon yükselmesi müzmin böbrek, hastalıkları gibi temelde yatan bir bozukluğa bağlanabilmektedir; bu hastalıklar normal olarak bir kimseyi tansiyon yüksekliğine hazırlar.
Altta başka bir hastalık bulunmayan kadınlardaki yüksek tansiyon yapıcı etkiler, düzeltilebilir türdendir ve haplar kesilince tansiyon normale döner. Tansiyon yüksekliği başlangıçta sessiz olduğu için kan basıncı altı ayda bir kontrol edilmelidir. Bir kadının doktoru kan basıncını ölçmeyi ihmal ederse, kadın bunu ısrarla istemeli ve belki de doktorunu değiştirmelidir. Korunma hapları almakta olan kadınlar, tuzu kısıtlamalı ve vücutlarında su tutulduğunu fark ederlerse, idrar söktürücü ilaç almalıdırlar. Bu iki önlemin de tansiyon düşürücü etkileri vardır.

Safra kesesi hastalıkları: Safra kesesi taşları, korunma hapı kullananlarda iki kat fazla görülür. Hormonlar safrada kolesterol' oranını arttırıp safrayı azaltarak safra taşı oluşturabilirler. Hap kullananlar arasında safra kesesi iltihabı oranı da artmaktadır. Bunlara ameliyat gerekebilirse de, ölüme neden olmaları ender görülür.

Karaciğer tümörleri: Karaciğer tümörleri sık görülmez. Son altı yılda kırk iki vaka bildirilmiştir; bu hastalıkla korunma hapları arasında istatistiksel bir bağlantı da bulunmuştur. Kullanılan östrojenin tipine göre de daha ileri bir bağlantı vardır. Bu tümörlerin çoğu habis değilse de, karın içi kanamasından ölüm bildirilmiştir. Karaciğer tümörleri karında kitleler fark edilmesiyle teşhise ulaşır. Böyle kitleleri bulunan kadınlar doktorlarına başvurmalıdırlar.