Yumurtalık kistlerinin çoğunluğu, hele menopozdan önce ortaya çıkanlar, habis değildirler. Bunların en çok görüleni fonksiyonel kistlerdir, çünkü fonksiyon gören, her ay yumurtlamayla aktif bir biçimde değişiklik gösteren dokudan meydana gelirler. Bu kistler çok defa yumurtalığın kendisinden daha iridirler, ender olarak on santim çapından daha fazla büyürler. Daha büyük oldukları durumlarda, çok büyük olasılıkla habis tabiattadırlar. Fonksiyonel kistler üçe ayrılabilir: Foliküler kistler, corpus luteum kistleri ve Stein Leventhal kistleri (ya da polikistik yumurtalık kistleri).