Bu aşamada hastalığın vücuda yayılmasının etkileri ilk olarak görülür. Her ne kadar bulaşması lokal olarak oluyorsa da (bu genellikle genital organların örtü tabakasından olur), sifilis sistemik bir hastalıktır. İkinci aşamada vücudun organları üzerindeki etkisi daha açık olur. Bu aşama genellikle hastalığa yakalandıktan iki buçuk ay kadar sonraya rastlar. Vakaların yaklaşık dörtte birinde, ikinci aşama, şankr daha kapanmadan önce olur, bazen de altı aya kadar gecikebilir.

Belirtiler arasında ateş, genel bir kırıklık, iştahsızlık vardır. Bazılarında başağrısı, eklem ve uzun kemiklerde ağrı olur ve bunlar geceleri artar, boğazda yanma, lenf bezlerinde şişme görülür. Bu ikinci aşamada deri döküntüleri de olur. Önce küçük, yuvarlak, gül renginde lekeler gövdenin yukarı kısmında ve kollarda belirir. Bu döküntüler o kadar hafif olabilir ki, suni ışık altında gözden kaçabilir. Maküler sifilid denilen bu döküntüler birkaç gün sonra kaybolabilir ya da daha sık görülen ve daha belirgin olan «papüler sifilid» haline dönüşebilir. Bu döküntü koyu kırmızı, hafifçe kabarık, üç milimetreden bir buçuk santimetreye kadar olan lekelerden oluşup bütün vücudu, kolları, bacakları, avuç içlerini, ayak tabanlarını ve yüzü kaplar.Treponemalar kıl diplerine de yerleşerek saçların tutam tutam dökülmesine ve yerlerinin güve yemiş gibi kalmasına neden olabilirler. Kaşların dış kısımlarında da dökülme olabilir. Papüler, yani kabarık lezyonlar, deri yüzlerinin sıcak, nemli alanlarda bir araya geldiği yerlerde, apış arası, kasıkların iç kısımlarında görülebilir. Bunlar geniş tabanlı, tepeleri düz, iri, etli kitlelere dönüşebilirler (condylomata lata). Başlangıçta koyu kırmızı olup, sonradan beyazımtırak gri olurlar. Derinin üzerindeki ölü tabaka düşünce, lezyondan, treponemalarla vıcır vıcır kaynaşan bir sıvı sızabilir. İkincil sifilisin çok ender rastlanan bir tipi, on beşinci yüzyıldaki ilk sifilis salgınım anımsatır biçimde, derin yaralı lezyonlardan oluşup, tedavi edilmediği takdirde ölüme götürebilir.İkincil sifiliste, boğaz, ağız ve bademciklerde müköz plaklar da sık sık görülür. Bunlar koyu kırmızı çember biçiminde çevrilmiş, ortası kurşunimsi beyaz lezyonlardır. Boğazda yanma ve bazen ses değişikliği yapabilirler. Şankr'lara benzeyen müköz plaklar genital organlarda da görülebilir. ister ağız boşluğunda, ister cinsel organlarda olsunlar, bunlar son derece bulaşıcı lezyonlardır. İkincil sifilisin belirtileri, tedavi edilmese bile, ikiyle altı haftada kaybolur. Deri döküntüleriyse tekrar belirebilir. Bundan sonra sifilis son aşamasına girer,