Sifilis vücuda ilk yerleştiğinde, treponemalarm bir bölümü lenf sistemiyle yayılır. Çoğunluğuysa, enfeksiyonun meydana geldiği noktada kalır. Mikroplar bu noktanın çevresindeki dokuyu değiştirip, hastalığın bulaşmasından üç, dört hafta sonra ağrısız, sert, açık bir yara olan şankr'ı oluştururlar. Bu, birincil (primer) sifilis dediğimiz tipin karakteristik belirtisidir.Şankr'lar tek tek ya da gruplar halinde bulunabilirler. Çapı üç, dört milimetreden üç santimetreye kadar değişen küçük kraterlere, yanardağ ağızlarına benzerler. Şankr'm yüksek olan kenarları serttir, yüzüyse parlak kırmızı, bazen kabukludur. Genital bölgedeki şankr'lar ağrısız olur. Erkekte genellikle penis üzerindedir; bazen de sünnet edilmemiş derinin ya da uretranın içinde gizlenebilir. Kadınlarda genital şankr'lar genellikle gözden uzak biçimde vulvanın içinde, vajinanın duvarlarında ya da rahim boynunda olur. Eşcinsel ilişkilerin sonucu olarak, anüsteki şankr'lar gittikçe artmaktadır. Genital bölge dışındaki şankr'lar (dudak, dil, bademcikler, ağız Örtü tabakasında) sık sık ağrılı olur. Bunlar, derideki bir çatlaktan sifilis mikrobunun girebildiği herhangi bir başka yerde, en çok da meme başlarında ve parmaklarda olabilir. Şankr yakınındaki lenf bezleri çoğunlukla enfekte olup şişer" ve böylece teşhise yardımcı olur.Şankr ya da birincil sifilis lezyonu, ortaya çıkışından birle beş hafta sonra kendiliğinden iyileşebilir. Bu, sifilisin sona erdiğini göstermez. Tersine, sifilisin birinci aşamasından ikinci (sekonder) aşamasına geçildiğini gösterir.